2014年10月，國家科技部、原國家衛(wèi)生計生委和原總后勤部衛(wèi)生部聯(lián)合認定首都醫(yī)科大學附屬北京友誼醫(yī)院為國家消化系統(tǒng)臨床醫(yī)學研究中心。

中心建立“一體兩翼”的組織管理模式，搭建多層次、輻射全國的臨床研究協(xié)同網(wǎng)絡；首先倡導了消化疾病的橫向學科聯(lián)合與縱向序貫診治的結合，形成消化系統(tǒng)癌前疾病和早癌的規(guī)范化診治、終末期肝病序貫診治及內鏡-腔鏡聯(lián)合微創(chuàng)診治三個特色臨床研究方向；擁有食管鱗癌、胃癌、結直腸癌癌前疾病和早癌、慢性乙肝肝硬化等位于國際前列的大型隊列；研發(fā)國產(chǎn)內鏡、腔鏡微創(chuàng)機器人、肝纖維化及肝硬化無創(chuàng)診斷FibroTouch檢測儀等高端設備，國際首創(chuàng)“雙多米諾供肝交叉輔助式肝移植”，并將適宜技術推廣至海外及全國150余家基層醫(yī)療單位，為提高消化疾病臨床診治水平、創(chuàng)新和轉化能力、培養(yǎng)高水平專業(yè)人才和技術普及做出重要貢獻。

自2015年以來，國家消化中心作為國家臨床醫(yī)學研究協(xié)同創(chuàng)新戰(zhàn)略聯(lián)盟秘書長單位，積極落實“三聚合”和“三對接”的功能定位，協(xié)助科技部社發(fā)司、生物中心等上級部門，進行了一系列調研工作，為政府決策提供多項數(shù)據(jù)支撐。

2023年4月，基于中心各項科研成果，聯(lián)合中國醫(yī)學科學院藥物研究所、中科院蘇州國科醫(yī)工科技發(fā)展（集團）有限公司獲批科技部“消化健康全國重點實驗室”。